Balai Latihan Pendidikan Teknik Yogyakarta selama ini bekerja sama dalam penyelenggaraan praktikum bagi siswa yakni dengan 2 sekolah yaitu :

1. SMK Negeri 2 Yogyakarta
2. SMK Negeri 3 Yogyakarta

Dengan berjalannya waktu serta perkembangannya Balai Latihan Pendidikan Teknik Yogyakarta juga menjalin kerja sama dengan beberapa sekolah yang ada di wilayah DI. Yogyakarta dan Luar DI. Yogyakarta sesuai permohonon beberapa sekolah tersebut yang belum memiliki peralatan yang memadai untuk melaksanakan praktikum siswa secara mandiri pada sekolah masing-masing.